澎湖的離島船班大致分成兩區。往南的望安與七美,從馬公市新營路的南海旅客服務中心出發;往北的吉貝與鳥嶼,則分別由白沙鄉的赤崁與岐頭碼頭上船,時刻表與票價由白沙鄉公所公告,吉貝航線全票 NT$150、半票 NT$75。
從台灣本島前往澎湖,臺灣航業的客輪由高雄新濱碼頭開往馬公臨海路的碼頭,部分日期沒有航班。這條航線歸在澎湖縣,是因為目的地在澎湖;每一頁都註明碼頭、適用日期與查核時間。
| 岐頭-鳥嶼交通船:每天四個來回,早上兩班從鳥嶼出發 | 交通船/客輪 | NT$100 |
| 赤崁-吉貝交通船:冬季一天三個來回,週五末班晚半小時 | 交通船/客輪 | NT$150 |
| 馬公-七美交通船:南海之星每天一個來回,經望安往返 | 交通船/客輪 | NT$438 |
| 馬公-望安交通船:09:30去、14:30回,另有望安鄉的早班船 | 交通船/客輪 | NT$273 |
| 高雄-馬公澎湖輪:夜航23:30為主,不是每天開 | 交通船/客輪 | NT$860 |