馬祖列島屬連江縣,由南竿、北竿、莒光(東莒、西莒)與東引等島組成。從台灣本島出發,臺馬輪由基隆港西岸旅客中心晚間開航,依航次先停東引或南竿;到了馬祖之後,各島之間再改搭交通船,南竿的出發點是福澳港旅客服務中心。
島際船班多由不同業者經營,例如南竿往北竿、莒光的船班由南北海運行駛,東莒與西莒之間則由莒光航業負責。時刻表常按日公告,也會因海象臨時調整;每一頁都寫明所採用的日期、碼頭與查核時間。
| 南竿-北竿交通船:兩家船公司輪流開,11月起每天各18班 | 交通船/客輪 | 15分鐘 |
| 南竿-東引交通船:單雙號日決定船班與船,11月上旬逐日列出 | 交通船/客輪 | NT$400 |
| 南竿-莒光交通船:一天三班繞行東西莒,11月先到西莒 | 交通船/客輪 | 07:00、11:00、14:30 |
| 基隆-馬祖臺馬輪:週二以外每晚22:30開,單號日先到南竿 | 交通船/客輪 | 22:30(週二航修) |
| 東莒-西莒交通船:莒光之星每天四個來回,船程約十分鐘 | 交通船/客輪 | NT$80 |