南竿的福澳港與北竿的白沙港隔著一段海面相對，航港局班表上這段海路每一班只排15分鐘。兩座島之間的交通船由南北海運和鴻宇海運兩家公司經營，11月1日起每天從南竿出發18班、從北竿出發18班，首班都是07:00，末班都是17:30。
兩家公司的船並不是平均間隔：從南竿出發，早上07:00到09:20大約每半小時一班，11:30之後下一班是12:30，14:00以後則改成每小時一班到16:00。南北海運暑假加開的南竿12:00、北竿12:30兩班只開到10月31日，11月的班表已經拿掉，計畫中午過海的人要特別注意。
兩家船公司的班次，分開看比較清楚
南北海運：11月1日起每天
| 班次 | 南竿福澳港（福澳旅運大樓一樓）出發 | 北竿白沙港（白沙碼頭候船室）出發 |
|---|---|---|
| 1 | 07:00 | 07:30 |
| 2 | 08:00 | 08:30 |
| 3 | 09:00 | 09:30 |
| 4 | 10:00 | 10:20 |
| 5 | 11:00 | 11:30 |
| 6 | 13:00 | 13:30 |
| 7 | 14:00 | 14:30 |
| 8 | 15:00 | 15:20 |
| 9 | 16:00 | 16:30 |
| 10 | 17:10 | 17:30 |
鴻宇海運：11月1日起每天
| 班次 | 南竿福澳港（福澳旅運大樓一樓）出發 | 北竿白沙港（白沙碼頭候船室）出發 |
|---|---|---|
| 1 | 07:30 | 07:00 |
| 2 | 08:30 | 08:00 |
| 3 | 09:20 | 09:00 |
| 4 | 11:30 | 11:00 |
| 5 | 12:30 | 12:00 |
| 6 | 13:30 | 13:00 |
| 7 | 16:30 | 16:00 |
| 8 | 17:30 | 17:10 |
交通部航港局「馬祖(南竿)-馬祖(北竿)」班表，2026年11月1日至13日每天相同；南北海運時刻與業者網站一致，鴻宇海運時刻與馬祖日報、馬祖國家風景區資料一致。2026年10月30日查核。 交通部航港局 – 馬祖(南竿)-馬祖(北竿)航班表 · 2026-10-30
一趟160元，團體與半票另計
南竿到北竿單程全票160元，回程同價。馬祖國家風景區把同一套票價列在南北海運和鴻宇海運兩家公司底下，沒有哪一家另列不同價錢。
可買80元半票的有三類：滿65歲的長輩、3到11歲的孩子，以及身心障礙者（陪伴者一人同享），購票時要出示證件；未滿3歲免費。20人以上的團體每人150元。
| 全票 | NT$160 |
| 團體票（20人以上） | NT$150 |
| 半票 | NT$80 |
| 未滿3歲 | 免費 |
馬祖海上交通訂位購票系統「南竿－北竿航線」票價與南北海運票價表，未標示起訖日期；2026年10月30日查核。 馬祖海上交通訂位購票系統 – 票價 · 2026-10-30
在哪裡買票、在哪裡候船
兩端碼頭都有售票櫃台與候船室：南竿在福澳旅運大樓一樓，北竿在白沙碼頭候船室。南北海運在南竿的服務電話是0836-22193、北竿是0836-55388；鴻宇海運的電話是(0836)23255。船班臨時異動時，打電話問所搭那一家公司最直接。
南竿福澳港（福澳旅運大樓一樓）
往北竿的船票在福澳旅運大樓一樓購買，也在這裡上船，位置在福澳港區漁會大樓的後方。兩家公司都從福澳港開船，出發前先看清楚自己買的是哪一家、幾點的班次。
北竿白沙港（白沙碼頭候船室）
回南竿在白沙碼頭候船室買票、候船。北竿另有橋仔港，但南竿來的交通船停的是白沙港；白沙也是往福州黃岐的小三通碼頭，候船時別排錯隊。
福澳港直航白沙港，中途不停
南竿的福澳港和北竿的白沙港隔海相對，航港局登記的班次都是兩港直接對開、中途不停靠。北竿另有機場，從臺灣搭機的旅客可以選擇降落南竿或北竿；兩島之間的日常往來，則靠這條交通船。
搭南北竿交通船前的幾件事
- 多半直接到碼頭買
馬祖國家風景區提醒，半小時內的短程船班有些無法線上購票，建議到現場辦理；福澳旅運大樓一樓和白沙碼頭候船室都有售票。
- 中午的空檔
11月起，從南竿出發在11:30到12:30之間只剩鴻宇的12:30一班；從北竿出發在11:30之後，下一班是鴻宇的12:00。
- 半票要帶證件
長者、兒童與身心障礙半票都要在購票時出示證件，南北海運的票價表也註明「請出示相關證件」。
- 冬季減班、看天開船
風景區的說明寫得清楚：夏季旺季增班，冬季減班；遇到風浪或濃霧會延誤或停航。
- 白沙也有小三通
白沙港同時是往黃岐的小三通碼頭，排隊前確認櫃台是南竿交通船，不是出境船班。
兩家公司、一條航線
南北海運除了這條航線，也經營南竿往莒光的交通船、北竿往黃岐的小三通，以及大坵登島船。航港局資料列出它在南北竿航線使用金安輪與閩珠8號；鴻宇海運則用鴻順6號，每天往返8次。兩家公司各自向航港局登記班次，所以時刻表要分開看。
住南竿、想到北竿走一天的人，最晚可以搭17:30（南北海運）的船回南竿。要往更南的東莒、西莒，請看南竿－莒光交通船；搭基隆－馬祖臺馬輪夜航到南竿的旅客，下船後在同一個福澳港就能轉搭往北竿的船。
南北竿交通船問答
南竿往北竿最晚一班是幾點？
11月起是17:30，由鴻宇海運開；南北海運的末班是17:10。
從北竿回南竿的末班船幾點？
17:30，由南北海運開；鴻宇海運的末班是17:10。
中午12點從南竿還有船嗎？
南北海運的12:00是7月1日到10月31日的加開班次，11月起的航港局班表已經沒有；中午可以搭鴻宇海運12:30那一班。
南竿到北竿要多久？
航港局班表每班都排15分鐘，例如07:00從福澳港開，07:15到白沙港。
需要先上網訂位嗎？
不一定。風景區說明部分短程船班不能線上購票，直接到福澳旅運大樓一樓或白沙碼頭候船室買票即可。
兩家公司的票價一樣嗎？
訂票系統只列一套南竿－北竿票價：全票160元、半票80元；馬祖國家風景區也把同一套票價同時列在南北海運和鴻宇海運底下。
小孩和長輩怎麼買票？
65歲以上、3歲以上未滿12歲買半票80元，要出示證件；未滿3歲免費。
船是停北竿的哪一個港？
白沙港。北竿雖然也有橋仔港，但從南竿來的交通船停的是白沙。